京东学院实行理事会领导下的院长负责制,构建起有效的三层管理组织体系。该体系由理事会、管理团队和业务运行部门构成。理事会负责制定学院发展规划与政策制度。目前已根据《京东学院章程》建立起适应学院特色的教学、科研、学生等运行制度及规范高效的人才聘用、资产管理、质量监控和激励等保障制度。学术标准和学术指导由双方共同成立的教学指导委员会负责。
管理层由院长、执行院长构成,全面负责学院的各项工作。
执行层由教学实施、教务管理与教学支持等三方构成。根据教学需要,设置三个教研室,分别负责相关专业领域的教学与科研。教务、学生管理和党建工作初期部分委托物流学院代管,逐步过渡到建立独立管理部门。教学支持方面,将京东大数据等研究中心,作为学院教学科研必要的支撑平台。